Вестник МГУ. Сер. биологическая. 2003 (в печати)
УДК 579.841.11.017.6
Выявление компонентов питания, ограничивающих рост моно- и смешанных культур диссоциантов бактерий Pseudomonas aeruginosa
П.В. Фурсова, Е.С. Милько, И.А. Опарина, А.П. Левич
(кафедра общей экологии и кафедра микробиологии)
Актуальной проблемой экологии сообществ, в частности микробиологических, является задача определения фактора, ограничивающего их рост. В настоящей работе представлена модель, в рамках которой возможно предсказание лимитирующих ресурсов, их экспериментальное определение и сравнение полученных результатов.
Материалы и методы
В период с 1999 по 2001 гг. были проведены 116 опытов по культивированию
R-, S-, и M-диссоциантов штамма Pseudomonas aeruginosa К-2. Моно- и смешанные культуры бактерий культивировали без пополнения запаса ресурсов на средах с различным начальным содержанием глюкозы, нитратов и фосфатов. Уровень глюкозы в средах варьировали в пределах от 0.03 до 1.6%, нитрата – от 0.01 до 0.577%, фосфата – от 0.001 до 0.04%.1. Методы культивирования.
Бактерии культивировали в пробирках на 50 мл с 10 мл среды на качалке (180 об/мин) при температуре 28°С до достижения стационарной стадии роста. В качестве посевного материала использовали односуточные культуры диссоциантов псевдомонад, выращенных на плотной среде, содержащей мясо-пептонный бульон и сусло в отношении 1:1 (БСА). Бактерии со скошенного агара переносили петлей в пробирку с физиологическим раствором. Плотность инокулятов каждого из диссоциантов во всех опытах выравнивали по нефелометру или по стандарту мутности до содержания клеток 109 (для смешанных культур – 107) в 1 мл. Посевной материал вносили в количестве 3%. Рост бактерий оценивали нефелометрически по плотности культуры. Соотношение диссоциантов в популяции определяли по морфологии колоний рассевом на БСА.Для экспериментального определения ресурса, ограничивающего рост культуры, проводили опыты с добавками. В момент предполагаемого достижения стационарной стадии культуру разделяли на четыре пробирки. В три из них вносили добавки – глюкозу, нитрат или фосфат, – четвертую оставляли без изменений (контроль). Культуру оставляли расти еще четыре часа, затем проводили измерение оптической плотности. Если добавление компонента питания в среду приводило к возобновлению деления клеток, то этот ресурс считали лимитирующим. В случае, если внесение вещества не приводило к росту культуры, считали, что этот фактор не ограничивал развития сообщества.
2. Метод расчета лимитирующего ресурса для поликультур
. Для описания стационарной стадии развития культуры диссоциантов применяли вариационную модель, которая ранее успешно была использована при изучении структуры фитопланктонных сообществ (Левич, 1980; Левич с соавт., 1997; Levich, 2000)где
ni – конечные искомые численности каждой из групп организмов, образующих сообщество, – количество k-го ресурса, необходимое для роста клетки группы i, в расчете на одну клетку (потребность организма группы i в ресурсе k), m – общее количество взаимонезаменимых ресурсов, потребляемых сообществом, w – число групп в сообществе, Lk – начальное содержание ресурса k в среде (Lk).Для описанной модели имеет место теорема стратификации (Левич с соавт., 1994; Levich, 2000): все пространство ресурсных факторов распадается (стратифицируется) на непересекающихся областей (стратов), каждая из которых соответствует одному из подмножеств множества потребляемых сообществом ресурсов. В страте SJ, где J – непустое подмножество множества ресурсов
{1,2,...,m}, выполняется:1) решение вариационной задачи , где º
2) на этом решении нестрогие неравенства обращаются в строгие равенства для всех kÎ J и в строгие неравенства для всех kÏ J.
Биологическая интерпретация теоремы стратификации задаёт правило лимитирующего звена для многовидовых сообществ, популяции из которых конкурируют за несколько ресурсов
(Левич с соавт., 1993). Лимитирующими называются ресурсы, потребляемые сообществом из среды полностью, т.е. те, для которых балансовые неравенства сформулированной задачи превращаются в равенства. Согласно теореме стратификации, из заданной совокупности ресурсов полностью потребляются, т.е. лимитируют рост сообщества, ресурсы из набора J, идентифицирующего страт SJ, которому принадлежит заданный вектор . Таким образом, теорема стратификации позволяет строго предсказывать ресурсы, лимитирующие рост сообщества с заданным набором потребностей .3. Метод расчета лимитирующего ресурса для монокультур.
Для монокультур, т.е. в случае w = 1, целевая функция H(n1,...,nw), является тождественным нулем и численность группы определяется системой ресурсных ограничений. В ситуации, когда питательная среда содержит три компонента, имеет место система:
Здесь верхние индексы
C, N, P обозначают, соответственно, углерод, азот и фосфор. Решение системы имеет вид: . Достижение культурой стационарной стадии означает исчерпание ресурса или ресурсов, для которого или которых реализуется указанный минимум. На математическом языке полное потребление выражается обращением соответствующего неравенства в равенство: , где индекс r обозначает исчерпанный ресурс. Таким образом, для аналитического выявления лимитирующего питательного компонента необходимо найти минимальное из отношений начального содержания потребляемых ресурсов и соответствующих потребностей. Возможна следующая геометрическая интерпретация. В трехмерном пространстве ресурсов вектором потребностей задается прямая. Участки трех плоскостей, проходящих через прямую q и координатные оси ресурсов, делят это пространство на 3 области лимитирования (рис.1). В каждой из этих областей рост культуры ограничен одним из трех ресурсов, а именно тем, координатная ось которого не лежит в данной области (Максимов с соавт., 2001).Разбиение пространства трех ресурсов на области, в которых лимитирующими являются один, два или три фактора, представлено на рис.2.
Для выявления ресурсов, ограничивающих рост смешанных культур, сначала на основе полученных ранее алгоритмов (Левич с соавт., 1994; Фурсова, 2003) рассчитывали границы областей лимитирования, а затем проверяли, к какой из них относится опытная среда.
Результаты и обсуждение
Были проведены опыты с добавками по выращиванию монокультур диссоциантов на 20-ти средах, а по выращиванию смешанных культур (попарные смеси и поликультура всех трех диссоциантов) – на 14 средах (состав сред в расчете на элемент представлен в табл.1а, б).
Для указанных сред было проведено модельное выявление лимитирующих ресурсов. В расчетах использовали ранее определенные (Фурсова с соавт., 2004) значения потребностей (табл.2).
Затем полученные данные сравнивали с результатами опытов с добавками. Необходимо отметить, что ряд экспериментов исключили из рассмотрения. Это связано с двумя обстоятельствами:
Из 116 проведенных экспериментов 47 удовлетворяли необходимым требованиям. В табл.3а,б указаны номера сред (в соответствии с табл.1а,б), предсказываемый модельными расчетами лимитирующий ресурс и процентное изменение оптической плотности культуры в результате добавления питательного вещества по отношению к контролю. В 35-ти экспериментах рост возобновился после добавки вещества, определенного моделью как лимитирующего.
Таким образом, полученные результаты позволяют сделать вывод о том, что теорема стратификации в 75% случаев дает адекватное предсказание ресурсов, ограничивающих рост микробиологического сообщества.
Возможной причиной отсутствия влияния добавок на рост бактерий является недостаточный четырехчасовой срок экспозиции культур с добавками. Чтобы избежать влияния лагфазы, в дальнейших экспериментах следует проверять наличие или отсутствие возобновления роста не через 4, а через 8-16 часов после внесения добавок. Еще одним уточнением методики дальнейших опытов с добавками была бы необходимость вносить не только отдельные ресурсы, но и их комбинации для проверки многофакторного лимитирования (т.е. по достижении стационарной стадии разделять культуру не на 4, а на 7 пробирок).
Авторы выражают глубокую благодарность В.Н.Максимову и Н.Г.Булгакову за плодотворные обсуждения материалов и помощь в работе.
***
Работа выполнена при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (грант 02-04-48085).
Список литературы
Левич А.П.
1980. Структура экологических сообществ. М.Левич А.П., Алексеев В.Л., Никулин В.А. 1994. Математические аспекты вариационного моделирования в экологии сообществ // Математическое моделирование.
6, № 5. 55–76.Левич А.П., Замолодчиков Д.Г., Алексеев В.Л. 1993. Правило лимитирующего звена для многовидовых экологических сообществ // Журн. общ. биологии.
54, № 3. 282–297.Левич А.П., Максимов В.Н., Булгаков Н.Г. 1997. Теоретическая и экспериментальная экология фитопланктона. Управление структурой и функциями сообществ. Учебное пособие. М.
Максимов В.Н., Милько Е.С., Левич А.П. 2001. Потребности диссоциантов
Pseudomonas aeruginosa в глюкозе, нитратах и фосфатах. Лимитирующие рост концентрации веществ при культивировании без пополнения запаса ресурсов // Изв. АН. Сер. биол. № 5. 607–612.Фурсова П.В. 2003 (в печати). Расчеты видовых обилий и областей лимитирования в вариационной модели экологического сообщества // Математическое моделирование.
Фурсова П.В., Милько Е.С., Опарина И.А., Максимов В.Н., Левич А.П. 2004 (в печати). Определение потребностей диссоциантов
Pseudomonas aeruginosa в углероде, азоте и фосфоре по результатам культивирования без пополнения запасов ресурсов // Микробиология.Levich A.P. 2000. Variational modelling theorems and algocoenoses functioning principles // Ecological Modelling. 131. 207–227.
Таблица 1а
Состав сред по углероду, азоту и фосфору
в начале опыта для монокультур (мг/мл)
номер среды |
R- диссоциант |
S- и M- диссоцианты |
||||
углерод |
азот |
фосфор |
углерод |
азот |
фосфор |
|
1 |
0.78 |
0.4 |
0.028 |
0.78 |
0.4 |
0.028 |
2 |
3.18 |
0.1 |
0.028 |
3.18 |
0.1 |
0.028 |
3 |
3.18 |
0.4 |
0.007 |
3.18 |
0.4 |
0.007 |
4 |
0.282 |
0.1 |
0.008 |
0.282 |
0.1 |
0.008 |
5 |
1.6 |
0.03 |
0.008 |
0.78 |
0.03 |
0.008 |
6 |
1.6 |
0.1 |
0.002 |
0.78 |
0.1 |
0.002 |
Таблица
1бСостав сред по углероду, азоту и фосфору в начале опыта для моно- и смешанных культур (мг/мл)
номер среды |
углерод |
азот |
фосфор |
1 |
0.4 |
0.035 |
0.01 |
2 |
1.62 |
0.14 |
0.04 |
3 |
0.4 |
0.015 |
0.01 |
4 |
1.6 |
0.06 |
0.04 |
5 |
0.12 |
0.035 |
0.01 |
6 |
0.48 |
0.14 |
0.04 |
7 |
0.12 |
0.015 |
0.01 |
8 |
0.48 |
0.06 |
0.04 |
9 |
0.78 |
0.1 |
0.01 |
10 |
3.24 |
0.4 |
0.04 |
11 |
1.6 |
0.2 |
0.01 |
12 |
6 |
0.8 |
0.04 |
13 |
1.2 |
0.035 |
0.01 |
14 |
4.8 |
0.14 |
0.04 |
Таблица 2
Значения потребностей (10-12мг/кл) диссоциантов P.aeruginosa в ресурсах среды (Фурсова с соавт., 2004)
Диссоциант |
Ресурс |
||
углерод |
азот |
фосфор |
|
R |
129 |
7 |
1 |
S |
409 |
17 |
4 |
M |
525 |
31 |
6 |
Таблица 3а
Влияние добавок на оптическую плотность монокультур
номер среды |
лимитирующий ресурс по модели |
добавка |
R |
S |
M |
C |
121 |
220 |
110 |
||
1 |
С |
N |
91 |
102 |
96 |
P |
62 |
100 |
94 |
||
C |
101 |
||||
2 |
N |
N |
131 |
||
P |
100 |
||||
C |
117 |
||||
3 |
P |
N |
119 |
||
P |
125 |
||||
C |
220 |
140 |
217 |
||
4 |
C |
N |
97 |
80 |
74 |
P |
106 |
115 |
109 |
||
C |
227 |
||||
4* |
C |
N |
73 |
||
P |
100 |
||||
C |
93 |
||||
5 |
N |
N |
93 |
||
P |
98 |
||||
C |
94 |
62 |
100 |
||
6 |
P |
N |
95 |
100 |
68 |
P |
134 |
114 |
105 |
*Вторая повторность опыта с
S-диссоциантом
Таблица 3б
Влияние добавок на оптическую плотность моно- и смешанных культур
номер среды |
лимитирующий ресурс по модели |
добавка |
R |
S |
M |
RS |
RM |
SM |
RSM |
C |
82 |
89 |
87 |
||||||
2 |
C |
N |
59 |
84 |
98 |
||||
P |
100 |
78 |
81 |
||||||
C |
95 |
100 |
90 |
92 |
96 |
104 |
96 |
||
3 |
N |
N |
143 |
112 |
100 |
104 |
104 |
116 |
128 |
P |
95 |
104 |
97 |
96 |
92 |
100 |
100 |
||
C |
122 |
160 |
142 |
160 |
160 |
150 |
|||
5 |
C |
N |
100 |
90 |
75 |
100 |
90 |
71 |
|
P |
100 |
110 |
75 |
100 |
90 |
71 |
|||
C |
212 |
97 |
121 |
||||||
6 |
C |
N |
162 |
66 |
79 |
||||
P |
235 |
89 |
83 |
||||||
C |
129 |
129 |
143 |
120 |
120 |
113 |
|||
7 |
C |
N |
86 |
100 |
86 |
100 |
93 |
75 |
|
P |
86 |
93 |
100 |
80 |
87 |
100 |
|||
C |
131 |
101 |
119 |
103 |
143 |
||||
9 |
C |
N |
76 |
68 |
81 |
81 |
102 |
||
P |
87 |
57 |
72 |
73 |
92 |
||||
C |
112 |
103 |
109 |
129 |
|||||
11 |
P |
N |
91 |
88 |
81 |
91 |
|||
P |
108 |
94 |
95 |
82 |
Рис. 1.
Разбиение пространства ресурсов на области лимитирования роста монокультуры.
Рис. 2. Разбиение пространства ресурсов на области лимитирования: в области
I лимитирующими являются три ресурса, в области II – L1 и L2; в III – L1 и L3; в IV – L2 и L3; в V – L1; в VI – L2; в VII – L3.
Revealing of the resources, limiting mono- and mixed Pseudomonas aeruginosa dissociants cultures growth
The model and experimental revealing of limiting resources on the data of experiments with mono- and mixed Pseudomonas aeruginosa dissociants cultures carried out. In 75 % of cases the theoretical calculation tally with independent experimental results. The probable explanations of results discrepancies, and also specification to methods of the subsequent experiment realization are offered.